Walaupun kebutuhan air untuk kegiatan produksi tanaman adalah hal yang mutlak, namun penggunaan air irigasi ini juga membawa issue kesehatan tanaman yang sangat signifikan. Patogen tanaman yang berasal dari berbagai sumber air, diketahui dapat mengandung 17 species Phytophtora, 26 species Phytium, 27 genera fungi, 8 species bakteri, 10 virus dan 13 species nematoda parasit. Tentu saja spektrum keberadaan patogen maupun densitasnya sangat bervariasi tergantung banyak hal.